《当火车鸣笛三秒》的故事以根植于中国本土的社会问题为蓝本，游戏舞台设定在一个名为“雾山镇”的虚构小镇，这里也是本作主人公“杨树”的故乡。“杨树”因为老同学的联络而回到阔别已久的“雾山镇”，一桩桩诡异事件接踵而起，故事就此拉开。

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杨树

　　年龄：27岁

　　身高：173cm

　　体重：73Kg

　　在大城市从事医生，不擅长社交，时常没什么脸部表情，给人的感觉非常隐喻。故乡在雾山镇，因为17年前在家乡发生的某件事，对他造成了巨大的冲击，使得如今对于儿时的记忆非常模糊，但本能的对雾山镇有所抗拒。

　　因为老同学王一顾一通电话联络，回到了阔别已久的雾山镇，而那些被他淡忘的一切，都在他踏入雾山镇之后，如潮水般翻涌袭来。在尘封的时光再次暴露到眼前时，他将如何去面对那段往事，仍是一个待解的谜。

王一顾

　　年龄：27岁

　　身高：169cm

　　体重：58kg

　　杨树儿时的玩伴，如今在雾山镇经营着一家生意平淡的奶茶店。在得知雾山镇富商叶伟江千金正在高薪聘请家庭医生一事后，主动电话联系杨树。从他的邀请为源头，17年前的事再次启动，一段已在脑海中淡化的记忆逐渐浮现。

叶小小

　　年龄：24岁

　　身高：163cm

　　体重：47kg

　　雾山镇著名的商人叶伟江之女，常年在家里做一些写作方面的工作。面容姣好，惹人怜爱。近期似乎精神方面出了问题，声称能看到一些不存在的东西。为给女儿治病，叶伟江对外开出优渥条件聘请私家医生。而在王一顾的牵线之下结识了医生杨树，由此推开了通往17年前某个事件真相的大门。